Les signes cliniques liés à la fièvre Q n’étant pas spécifiquement caractéristiques (infertilité, syndrome grippal…), de nombreux troupeaux infectés ne sont pas détectés.

 La prévalence réelle des troupeaux infectés est donc beaucoup plus importante que la prévalence observée, variant de 5 à 70 %.. La prévalence d’animaux infectés intra-troupeau peut aller au-delà de 90 % chez les chèvres adultes.