- Il est préférable de prélever des échantillons sur des animaux n’ayant pas reçu récemment de traitement antibiotique.
- Prélever les échantillons sur des animaux en début de maladie/phase aiguë (pas de maladie chronique) pour éviter d’identifier un agent pathogène secondaire
- Lorsque la pathologie est potentiellement polyclonale (mammites environnementales, métrites…) le prélèvement d’échantillons sur un seul animal n’a pas de valeur absolue: il convient alors de prélever des échantillons sur 3 à 5 animaux au minimum en fonction de la taille du troupeau touché. Il est parfois possible d’effectuer une analyse groupée pour limiter les coûts.
- Lorsque la pathologie recherchée est décrite comme due à une infection de divers individus par une même souche bactérienne pathogène (monoclonale : mammite à S.aureus, avortement salmonellique), les résultats issus d’un prélèvement individuel peuvent être raisonnablement étendus à l’ensemble du troupeau.
- Il est nécessaire de procéder rapidement aux prélèvements sur les animaux à l’aide de matériel stérile conformément aux méthodes recommandées afin d’identifier les bactéries.
- Il faut ensuite emmener les échantillons le plus rapidement possible (dans les 48 h maximum) au laboratoire chargé de les analyser, de préférence dans un conteneur réfrigéré (+4 °C). Pour livrer les échantillons biologiques au laboratoire (envoi par courrier ou par un transporteur local), il est vivement conseillé d’utiliser des emballages à triple épaisseur.